<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<META content="MSHTML 6.00.2900.3132" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY 
style="WORD-WRAP: break-word; khtml-nbsp-mode: space; khtml-line-break: after-white-space">
<DIV><SPAN class=770164817-03082007></SPAN><FONT face=Arial><FONT 
color=#0000ff><FONT size=2>M<SPAN class=770164817-03082007>att Hibbs will 
present his preFPO on Friday August 10 at 10AM 
in&nbsp;</SPAN></FONT></FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial><FONT color=#0000ff><FONT size=2><SPAN 
class=770164817-03082007>Carl Icahn Labs Room 200 (CIL 200).&nbsp; The members 
of his committee are:</SPAN></FONT></FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial><FONT color=#0000ff><FONT size=2><SPAN 
class=770164817-03082007>Olga Troyanskaya, advisor; Kai Li and Tom Funkhouser, 
readers; &nbsp;David</SPAN></FONT></FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial><FONT color=#0000ff><FONT size=2><SPAN 
class=770164817-03082007>Botstein (MOL/Genomics) and Leonid Kruglyak 
(EEB/Genomics),&nbsp;</SPAN></FONT></FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial><FONT color=#0000ff><FONT size=2><SPAN 
class=770164817-03082007>nonreaders.&nbsp; Everyone is invited to attend his 
talk.&nbsp; His title and abstract&nbsp;</SPAN></FONT></FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial><FONT color=#0000ff><FONT size=2><SPAN 
class=770164817-03082007>follow below.</SPAN></FONT></FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial><FONT color=#0000ff><FONT size=2><SPAN 
class=770164817-03082007>-------------------------------------&nbsp;</SPAN><SPAN 
class=770164817-03082007>&nbsp;</SPAN><SPAN 
class=770164817-03082007>&nbsp;</SPAN></FONT></FONT></FONT><BR 
class=khtml-block-placeholder></DIV>
<DIV class=MsoNormal>Title:<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; 
</SPAN>Analysis and Visualization of Large-Scale Gene Expression Microarray 
Compendia</DIV>
<DIV class=MsoNormal><O:P></O:P></DIV>
<DIV class=MsoNormal>Over the past decade, gene expression microarray data has 
become one of the most important tools available for biologists to understand 
molecular processes and mechanisms on the whole-genome scale. Microarray data 
provides a window into the inner workings of the transcriptional process that is 
vital for cellular maintenance, development, biological regulation, and disease 
progression. While an exponentially increasing amount of microarray data is 
being generated for a wide variety of organisms, there is a severe lack of 
methods designed to utilize the vast amount of data currently available. In my 
work, I explore several techniques to meaningfully harness large-scale 
collections of microarray data both to provide biologists with a greater ability 
to explore data repositories, and to computationally utilize these repositories 
to discover novel biology.</DIV>
<DIV class=MsoNormal><O:P></O:P></DIV>
<DIV class=MsoNormal>First, I will discuss techniques for visualization-based 
analysis of microarray data on the scale of individual datasets. These 
techniques include incorporating statistical measures into visualization schemes 
and utilizing alternative views of data to gain a broader picture. Second, I 
will focus on novel methods that allow users to simultaneously view multiple 
datasets with the goal of providing a larger context within which to understand 
individual datasets. These techniques include developing multi-dataset 
visualization methods as well as utilizing new technologies such as very large 
format display devices. Third, effective search and analysis techniques are 
required to guide researchers and enable their effective use of large-scale 
repositories. I will present a user-driven search algorithm designed to both 
quickly locate relevant datasets in a collection and to then identify novel 
players related to the user&#8217;s query. This technique is useful as an independent 
search/exploration method, can be incorporated into visualization systems, and 
can be used to predict novel functions for genes. I will discuss how we have 
successfully used this approach to discover novel biology, including directing a 
large-scale experimental investigation of <I>S. cerevisiae</I><SPAN> 
mitochondrial organization.</SPAN></DIV>
<DIV class=MsoNormal><O:P></O:P></DIV>
<DIV class=MsoNormal>The combination of visualization-based analysis methods and 
exploratory algorithms such as those presented are vital to future systems 
biology research. As data collections continue to grow and as new forms of data 
are generated, it will become increasingly important to develop methods and 
techniques that will allow experts to intelligently sift through the available 
information to make new discoveries.</DIV>
<DIV class=MsoNormal><BR class=khtml-block-placeholder></DIV></BODY></HTML>